Группа электронно-микроскопических исследований решает задачи аналитической и количественной микроскопии, локального элементного анализа, кристаллографического анализа в микрообластях. Она располагает двумя просвечивающими электронными микроскопами JEM-2000EX фирмы «JEOL» (Япония), растровыми электронными микроскопами JSM-840А и JXA-6400. Эти микроскопы оснащены рентгеновским дисперсионным и волновым спектрометром для массивных образцов (SERIES II фирмы «Noran») и тонких фольг (INKA ENERGY TEM 200 фирмы Oxfords Instruments), системой анализа кристаллографической структуры массивных поликристаллических образцов методом регистрации обратно отраженных электронов (EBSD) (INKA CRYSTAL 300 фирмы Oxfords Instruments). В лаборатории имеется также оборудование для изготовления образцов как для просвечивающих, так и растровых электронных микроскопов. Это - прибор для электролитического утонения металлических образцов "TENUPOL 5" фирмы "STRUERS", прибор фирмы “GATAN” для утонения методом ионной бомбардировки непроводящих образцов. Кроме того, лаборатория располагает установкой для производства жидкого азота LNP-20 и другим вспомогательным оборудованием.